Los orígenes de la Unidad se remontan al 15 de mayo de 1953, fecha en la que fue creada la Batería de Artillería Antiaérea Nº 3 en la Base Aérea Maquehue, asentada en la ciudad de Temuco. En 1956 se traslada a la naciente Base Aérea de Cerro Moreno, en Antofagasta.
En 1975, la Batería de Artillería Antiaérea Nº 3 es reestructurada como Unidad dependiente del Ala Base N° 1 pasando a denominarse Grupo de Artillería Antiaérea N° 21, instaurando el 5 de mayo como fecha conmemorativa del aniversario de la Unidad.
El 30 de junio de 1986, el Grupo de Artillería Antiaérea N° 21 deja de pertenecer al Ala Base Nº 1, pasando a depender de la Iª Brigada Aérea, cambiando además su denominación a la de Grupo de Defensa Antiaérea N° 21.
Ante los crecientes requerimientos operativos y los acelerados avances tecnológicos de las plataformas aéreas, el año 1990 la Unidad ingresa a la era del misil, recibiendo en su inventario el Sistema de Armas “Blow Pipe”. El año 1994 se incrementan aún más las capacidades operativas con la llegada del Sistema de Armas Mygale, el cual otorgaba una mayor movilidad, alcance y control en las operaciones de defensa antiaérea. En el año 2000 se recepciona el sistema de armas Vulcan, logrando brindar una defensa antiaérea equilibrada a las instalaciones de la Vª Brigada Aérea.
Desde su creación, el Grupo de Defensa Antiaérea N° 21 ha sido pionero en diferentes instancias, tanto en la defensa antiaérea, así como en la instrucción militar. Dentro de este concepto y por disposición del Estado Mayor General de la FACh, en el año 2008 recibe la misión de ejecutar el primer Curso Aeromilitar Avanzado de la Institución conducente a instruir a ex Soldados Conscriptos llamados a servicio activo para recibir entrenamiento orientado a prestar Protección de la Fuerza, cimentando con esto los inicios de lo que hoy es el Grupo de Infantería de Aviación N° 41.
Apoyo a la comunidad
Como Unidad, el Grupo de Defensa Antiaérea N° 21 ha prestado apoyo con su personal y material en diferentes catástrofes que han afectado a la zona como el aluvión en la ciudad de Antofagasta el año 1991, las inundaciones que afectaron la comuna de Tal-Tal el año 2015 y la emergencia debido a las lluvias en la ciudad de Calama el año 2019.
Cabe destacar la activa participación de su personal en las patrullas y en los puestos de mando con ocasión del Estado de Excepción Constitucional debido a la pandemia por Covid-19.