A partir del año 1921, la Armada de Chile empezó a construir una Base Aeronaval de tipo anfibia, lugar al que trasladaron todo el equipamiento y personal que existía en la playa Las Torpederas en Valparaíso.
Junto con la creación en el año 1930 de la Fuerza Aérea de Chile, la Base Aeronaval pasa a ser parte de la Institución como Base Aérea Quintero. En 1943 arriban los primeros aviones anfibios Catalina al entonces Grupo de Aviación N°2, aviones que hicieron historia mientras permanecieron en la bahía quinterana. En las décadas de los 50 y 60, por su número de personal y equipos, esta Unidad se constituyó en una de las bases aéreas más grandes de Sudamérica. En ella se realizaron y planificaron importante misiones, como el raid de exploración de los canales sureños, manteniendo conexión con el extremo sur del país. En 1951 “El Manutara”, misión que buscó unir al continente con Rapa Nui y en 1955 la unión del continente con la Antártica, entre otras.
La histórica Base Aérea albergó el nacimiento de los Grupos de Aviación N°2, N°8 y N°11.
Con el paso del tiempo, la Base se convirtió en una Unidad de apoyo operativo y logístico hasta que en el año 2002 comenzaron los trabajos para la implementación de infraestructura destinada a recibir al Regimiento de Artillería Antiaérea y Fuerzas Especiales, Escuela Táctica que se trasladó desde la comuna de Colina, en la Región Metropolitana, hacia la Región de Valparaíso. Con esta incorporación, se fue transformando en una de las Unidades más importante de la Institución, ya que junto con cumplir con su nueva misión de Unidad de Desplazamiento Rápido de los medios de Defensa Antiaérea, cumple con la tarea de instrucción y entrenamiento a los Artilleros Antiaéreos, Comandos de Aviación, Paracaidistas Militares y especialistas en Salvamento y Rescate PARASAR.
A partir del año 2009, la Fuerza Aérea puso en marcha el “Proyecto FÉNIX”, destinado a transformar a Quintero en un nuevo punto estratégico de la Institución en la zona central del país, a través de la construcción de una pista de mayor longitud.
Actualmente, la Base Aérea Quintero cumple una misión logística, compuesta por el Grupo de Abastecimiento y Mantenimiento y Grupo de Base Aérea, Unidad de apoyo fundamental al arma de la Artillería Antiaérea, programando y realizando el mantenimiento de los sistemas de armas y de todas las Unidades internas que en ella se desarrollan.